1）實驗條件優不佳：質粒不同，所轉染的細胞不同及定量的準確性等因素會導致在一些情況下所做的轉染不在該優化條件內。這種情況下需要對質粒轉染試劑的配比進行優化。另外，可選用更合適的轉染試劑。
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2）抑制劑：不要在用于制備DNA-轉染試劑復合物的培養基中使用抗生素，EDTA，檸檬酸鹽，磷酸鹽，RPMI，硫酸軟骨素，透明質酸，硫酸葡聚糖或其他硫酸蛋白多糖。
3） 細胞狀態及融合度：長勢旺盛的細胞轉染效果更佳，細胞密度應該在轉染時融合度至少70%以上。
4）DNA純度及數量：質粒OD值A260/A280 在1.8~2.0之間。DNA量不能太高，單獨DNA也會對細胞生長有一個基礎的影響。
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