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          實驗服務
          產品名稱:

          宏基因測序

          上市日期:2017-03-29

          一、服務介紹

          宏基因組學研究不要求對每個微生物進行分離純化培養,而是直接從樣品中提取基因組DNA后進行測序分析。通過宏基因組測序,能夠解釋微生物群落多樣性、種群結構、進化關系、功能活性及環境之間的相互協作關系,大大地擴展了微生物學研究范圍。環境微生物多樣性檢測是指通過對環境中微生物16S rDNA高變區/ITS 的PCR擴增產物進行高通量測序,分析該環境下微生物群落的多樣性和分布規律。

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          二、分析項目

          標準分析項目

          1. 去除宿主污染,產出數據及質控統計

          2. 組裝前,通過K-mer分析評估樣品的測序深度

          3. 序列組裝

          4. 基因組結構注釋(串聯重復序列注釋、短回文重復序列注釋、可變遺傳因子注釋、基因編碼區域預測、NCBI NR庫比對、致病島預測、前噬菌體預測、毒力因子預測,可選)

          5.基因功能注釋(GO功能注釋,KEGG通路注釋,Swissprot數據庫注釋、COG功能分類)

          6.比較基因組分析(基因家族分析,系統進化樹構建,物種分期時間預測)

          7. 生物種類和豐度估計

          8. 樣本間群落結構比較(多樣本);

          9. 微生物生物分布與環境關聯分析(多樣本);

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          分析項目

          重要結論的獲得;

          聚類分析;

          主成分分析;

          通路富集分析;

          功能富集分析;

          個性化分析

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