一、服務介紹
宏基因組學研究不要求對每個微生物進行分離純化培養，而是直接從樣品中提取基因組DNA后進行測序分析。通過宏基因組測序，能夠解釋微生物群落多樣性、種群結構、進化關系、功能活性及環境之間的相互協作關系，大大地擴展了微生物學研究范圍。環境微生物多樣性檢測是指通過對環境中微生物16S rDNA高變區/ITS 的PCR擴增產物進行高通量測序，分析該環境下微生物群落的多樣性和分布規律。
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二、分析項目
標準分析項目
1. 去除宿主污染，產出數據及質控統計
2. 組裝前，通過K-mer分析評估樣品的測序深度
3. 序列組裝
4. 基因組結構注釋（串聯重復序列注釋、短回文重復序列注釋、可變遺傳因子注釋、基因編碼區域預測、NCBI NR庫比對、致病島預測、前噬菌體預測、毒力因子預測，可選）
5.基因功能注釋（GO功能注釋，KEGG通路注釋，Swissprot數據庫注釋、COG功能分類）
6.比較基因組分析（基因家族分析，系統進化樹構建，物種分期時間預測）
7. 生物種類和豐度估計
8. 樣本間群落結構比較（多樣本）；
9. 微生物生物分布與環境關聯分析（多樣本）；
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分析項目
重要結論的獲得;
聚類分析；
主成分分析；
通路富集分析；
功能富集分析；
個性化分析
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