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          基爾頓生物科技 JRDUN BIOTECHNOLOGY
          思想留給科學
          實驗服務
          產品名稱:

          轉錄組測序

          上市日期:2017-03-29

          一、服務介紹

          轉錄組即某個物種或特定細胞在某一功能狀態下產生的RNA的總和,是研究細胞表型和功能的一個重要手段。與基因組不同的是,轉錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環境下,其基因表達情況是不相同的。轉錄組測序(RNA-Seq)是指利用第二代高通量測序技術進行cDNA測序,快速地獲取某一物種特定器官或組織在某一狀態下的轉錄本。相對于傳統芯片而言,RNA-Seq無需預先設計探針,即可對物種的細胞類型的轉錄組進行檢測,能夠提供較的數字化信號,更高的檢測通量以及更廣泛的檢測范圍,是目前深入研究轉錄組復雜性的良好工具。

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          二、操作流程

          1. 全轉錄組總RNA提??;

          2. mRNA分離和文庫構建;

          3. 高通量測序;

          4. 數據處理與生物信息學分析;

          5. 測序報告生成

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          三、生物信息分析

          (一)無參考基因組序列的轉錄組

          1. 標準信息分析

          1) 對原始數據進行去除接頭序列及低質量reads的處理;

          2) 數據產出統計及測序數據的成分和質量評估;

          3) 進行基因表達定量分析

          4) 組裝結果分析;

          5) Unigene功能注釋及COG分析;GO分類;pathway分析;NR分析;Swissprot分析

          6) Unigene表達差異分析;

          7) 差異基因的表達模式聚類分析

          8) 差異表達基因的GO功能富集分析和Pathway富集性分析;

          9) 差異表達基因的蛋白互作網絡分析;

          10) SNP分析

          2. 分析

          轉錄調控網絡分析,及網絡圖構建和重要TF分析;

          通路交互網絡分析,重要通路分析。

          差異表達基因共表達分析,構建網絡圖

          轉錄因子活性分析,預測重要的轉錄因子;

          基因共上游調控元件預測

          miRNA預測,預測調控靶基因的重要miRNA

          主成分分析

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          (二)有參考基因組序列的轉錄組

          1. 標準信息分析

          1) 對原始數據進行去除接頭污染序列及低質量 reads 的處理

          2) 參考基因組比對

          3) 進行基因表達定量分析

          4) 可變剪切分析(真核)

          5) 新轉錄本預測:新mRNA和新lncRNA預測

          6) 差異表達基因分析(2個或者2個以上的樣本)

          7) 差異基因的表達模式聚類分析

          8) 差異基因的GO功能富集分析和KEGG PATHWAY富集分析

          9) 差異基因的蛋白互作網絡分析

          10) SNP分析

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          2. 分析

          lncRNA-mRNA表達關聯性分析,及網絡圖構建;

          轉錄調控網絡分析,及網絡圖構建和重要TF分析;

          通路交互網絡分析,重要通路分析。

          差異表達基因共表達分析,構建網絡圖

          轉錄因子活性分析,預測重要的轉錄因子;

          基因共上游調控元件預測

          miRNA預測,預測調控靶基因的重要miRNA

          主成分分析

          藥物小分子預測分析(適用于人類),得到相關的藥物小分子。

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          四、樣品要求

          1)樣品類型:細胞、新鮮組織或RNA樣品。

          2)樣品的量:細胞樣品請提供至少1×107個細胞,組織樣品請提供至少300mg的組織塊或切片,RNA樣品請提供10 μg以上的總RNA。

          3)樣品質量:RNA無明顯降解,提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間,濃度 ≥ 500 ng/μl,28S:18S ≥ 1.5,RIN ≥ 8。

          4)樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊(切成~50mg的小塊)可用TRIZOL或RNA保護劑處理或液氮凍存后,-80℃保存。RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存。樣品保存期間避免反復凍融。

          5)樣品運輸:樣品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰運輸。

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