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          產品名稱:

          lncRNA測序

          上市日期:2017-03-29

          一、服務介紹

          長鏈非編碼RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)一般是指長度大于200 nt的RNA,位于細胞核內或胞漿中,不參與蛋白質編碼功能,以RNA形式在多種層面上(表觀遺傳調控、轉錄調控以及轉錄后調控等)調控基因的表達水平,在生命活動中具有重要作用。

          長鏈非編碼RNA測序(long non-coding RNA sequencing,lncRNA-Seq)是一種使用特定方法降低樣本中rRNA 的豐度,對富集到的 RNA進行文庫構建,再對高通量測序儀產出的數據進行信息分析的研究方法。lncRNA-Seq可一次性獲得樣本中全部的lncRNAs信息,對lncRNAs的類別、功能進行的深入分析,從而快速準確地獲得與特定生物學過程(例如發育、疾病等)相關 lncRNA信息。

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          二、數據分析內容

          標準分析項目

          1) 去除接頭序列、低質量序列,得到高質量數據;

          2) 與核糖體數據庫比對,去除核糖體RNA(rRNA)數據

          3) 轉錄本組裝;

          4) 鑒定已知轉錄本(包括已知lncRNA)和新轉錄本;

          5) 預測新的lncRNA;

          6) lncRNA定量及差異分析(需至少2個樣品);

          7) lncRNA差異表達模式聚類;

          分析項目

          基于互補序列的lncRNA-mRNA互作分析;

          構建重要的lncRNA-mRNA網絡圖;

          網絡拓補學分析及網絡模塊分析;

          功能富集分析;

          ceRNA預測分析;

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          三、樣品要求

          1.樣品類型:細胞、新鮮組織或RNA樣品。

          2.樣品量:細胞樣品請提供至少1×107個細胞,組織樣品請提供至少300mg的組織塊或切片,RNA樣品請提供10 μg以上的總RNA。

          3.樣品質量:RNA無明顯降解,提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間,濃度≥ 500 ng/μl,28S:18S ≥ 1.5,RIN ≥7。

          4.樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊(切成~50mg的小塊)可用TRIZOL或RNA保護劑處理或液氮凍存后,-80℃保存。RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存。樣品保存期間避免反復凍融。

          5.樣品運輸:樣品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰運輸。

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