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          Products 高通量測序
          產品名稱: miRNA測序
          型號:
          時間: 2017 - 03 - 29
          一、服務介紹microRNA(miRNA)是一種大小約21—23個堿基的單鏈小分子RNA,是由具有發夾結構的約70-90個堿基大小的單鏈RNA前體經過Dicer酶加工后生成,不同于siRNA(雙鏈)但是和siRNA密切相關。microRNA通過和靶基因mRNA堿基配對引導沉默復合體(RISC)降解mRNA或抑制mRNA的翻譯,從而在轉錄后水平調控蛋白表達(新發現miRNA也能在轉錄水平調控基因表達)。miRNA在物種進化中相當保守,在動物、植物和真菌等中發現的miRNA表達均有嚴格的組織特異性和時序性。miRNA在細胞生長和發育過程中起多種作用,包括調控發育、分化、凋亡和增殖等。目前研究miRNA的方法主要是realtime-PCR、生物芯片技術以及第二代測序技術?;诘诙鷾y序技術的miRNA測序,可以一次獲得數百萬條miRNA序列,能夠快速鑒定出不同組織、不同發育階段、不同疾病狀態下已知和未知的miRNA及其表達差異,為研究miRNA對細胞進程的作用及其生物學影響提供了有力工具。二、分析項目標準分析項目1) 原始數據質控(去接頭污染,去低質量reads),數據產出統計;2) 與參考...
          產品名稱: lncRNA測序
          型號:
          時間: 2017 - 03 - 29
          一、服務介紹長鏈非編碼RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)一般是指長度大于200 nt的RNA,位于細胞核內或胞漿中,不參與蛋白質編碼功能,以RNA形式在多種層面上(表觀遺傳調控、轉錄調控以及轉錄后調控等)調控基因的表達水平,在生命活動中具有重要作用。長鏈非編碼RNA測序(long non-coding RNA sequencing,lncRNA-Seq)是一種使用特定方法降低樣本中rRNA 的豐度,對富集到的 RNA進行文庫構建,再對高通量測序儀產出的數據進行信息分析的研究方法。lncRNA-Seq可一次性獲得樣本中全部的lncRNAs信息,對lncRNAs的類別、功能進行的深入分析,從而快速準確地獲得與特定生物學過程(例如發育、疾病等)相關 lncRNA信息。 二、數據分析內容標準分析項目1) 去除接頭序列、低質量序列,得到高質量數據;2) 與核糖體數據庫比對,去除核糖體RNA(rRNA)數據3) 轉錄本組裝;4) 鑒定已知轉錄本(包括已知lncRNA)和新轉錄本;5) 預測新的lncRNA;6) lncRNA定量及差異分析(需至少2個樣品...
          產品名稱: 轉錄組測序
          型號:
          時間: 2017 - 03 - 29
          一、服務介紹轉錄組即某個物種或特定細胞在某一功能狀態下產生的RNA的總和,是研究細胞表型和功能的一個重要手段。與基因組不同的是,轉錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環境下,其基因表達情況是不相同的。轉錄組測序(RNA-Seq)是指利用第二代高通量測序技術進行cDNA測序,快速地獲取某一物種特定器官或組織在某一狀態下的轉錄本。相對于傳統芯片而言,RNA-Seq無需預先設計探針,即可對物種的細胞類型的轉錄組進行檢測,能夠提供較的數字化信號,更高的檢測通量以及更廣泛的檢測范圍,是目前深入研究轉錄組復雜性的良好工具。 二、操作流程1. 全轉錄組總RNA提??;2. mRNA分離和文庫構建;3. 高通量測序;4. 數據處理與生物信息學分析;5. 測序報告生成 三、生物信息分析(一)無參考基因組序列的轉錄組1. 標準信息分析1) 對原始數據進行去除接頭序列及低質量reads的處理;2) 數據產出統計及測序數據的成分和質量評估;3) 進行基因表達定量分析4) 組裝結果分析;5) Unigene功能注釋及COG分析;GO分類;pathway分析;NR分...
          產品名稱: 外顯子測序
          型號:
          時間: 2017 - 03 - 29
          一、服務介紹外顯子組測序(exome-seq)是對定向富集的基因組DNA進行高通量測序,它能夠以相對低的費用對人類外顯子組進行拷問。2009年,外顯子組捕獲工具的出現,讓外顯子組測序這種技術迅速紅起來。到目前為止,已有超過1萬個外顯子組被測序。如今有多家公司推出了外顯子組捕獲試劑,包括羅氏NimbleGen、安捷倫、Illumina,還有現在的華大基因。這些方法究竟孰優孰劣,斯坦福大學醫學院遺傳學系的研究人員對市場上三個主流的外顯子組測序平臺進行了比較。該研究結果發表在《Nature Biotechnology》上。研究人員利用安捷倫、Illumina和NimbleGen的外顯子組測序平臺對同一個人類血液樣品進行分析。他們的結 果表明,NimbleGen平臺作為一個使用高密度重疊探針的平臺,盡管覆蓋了較少的基因組區域,但在靈敏檢測小的變異時所需的測序量也少。在同樣獲得80M測序數據的情況下,NimbleGen有97%的目標序列達到10x以上的測序深度,而其他產品只有90%。而安捷倫和Illumina的探針能夠在低密度下捕獲更多數量的變異。此外,Illumina還捕獲了未翻譯的區域,這是...
          產品名稱: 甲基化測序
          型號:
          時間: 2017 - 03 - 29
          一、服務介紹DNA甲基化是重要的表觀遺傳學標記信息,獲得全基因組范圍內的C位點的甲基化水平數據,對于表觀遺傳學的時空特異性研究具有重要意義。我們以新一代高通量測序平臺為基礎,結合全基因組Bisulfite處理和生物信息數據分析技術,進行低成本、高效率、高準確度的全基因組DNA甲基化水平圖譜繪制。特定物種的比較高度甲基化修飾模式的分析,必將在表觀基因組學研究中具有里程碑式的意義,并為細胞分化、組織發育等基礎機制研究,以及動植物育種、人類健康與疾病研究奠定基礎。二、分析項目 標準分析項目1) 數據過濾(去除adaptor,低質量的reads等)2) 序列比對、覆蓋度統計、測序深度統計3) SNP/InDel/CNV/SV變異信息檢測4) SNP/InDel/CNV/SV多種數據庫注釋分析項目1)腫瘤:體細胞突變位點篩選;基于質譜的 case/control 樣品成對初步鑒定成對樣品的Somatic SNV/InDel/CNV檢測、注釋及統計成對樣品SNV/InDel的COSMIC 數據庫注釋分析成對樣品SNV的保守型預測成對樣品SV檢測分析(CREST)及注釋影響氨基酸改變的突變...
          產品名稱: 宏基因測序
          型號:
          時間: 2017 - 03 - 29
          一、服務介紹宏基因組學研究不要求對每個微生物進行分離純化培養,而是直接從樣品中提取基因組DNA后進行測序分析。通過宏基因組測序,能夠解釋微生物群落多樣性、種群結構、進化關系、功能活性及環境之間的相互協作關系,大大地擴展了微生物學研究范圍。環境微生物多樣性檢測是指通過對環境中微生物16S rDNA高變區/ITS 的PCR擴增產物進行高通量測序,分析該環境下微生物群落的多樣性和分布規律。 二、分析項目標準分析項目1. 去除宿主污染,產出數據及質控統計2. 組裝前,通過K-mer分析評估樣品的測序深度3. 序列組裝4. 基因組結構注釋(串聯重復序列注釋、短回文重復序列注釋、可變遺傳因子注釋、基因編碼區域預測、NCBI NR庫比對、致病島預測、前噬菌體預測、毒力因子預測,可選)5.基因功能注釋(GO功能注釋,KEGG通路注釋,Swissprot數據庫注釋、COG功能分類)6.比較基因組分析(基因家族分析,系統進化樹構建,物種分期時間預測)7. 生物種類和豐度估計8. 樣本間群落結構比較(多樣本);9. 微生物生物分布與環境關聯分析(多樣本); 分析項目重要結論的獲得;聚類分...
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